La existencia de la Segunda República de Polonia fue cortada por el estallido de la II Guerra Mundial. El 1 de septiembre de 1939 Alemania invadió Polonia; el 17 de septiembre la Unión Soviética atacó desde el Este. Después de un mes de combates, Alemania y la Unión Soviética perpetraron otra partición más, de tantas que había sufrido Polonia. En una parte de los territorios ocupados por los nazis fue creada la llamada Gobernación General, otra fue anexionada al Reich; los territorios orientales fueron anexionados por la Unión Soviética. Ambos invasores iniciaron, aunque a escalas diferentes, la política de exterminio de la población polaca; se llenaron los campos de concentración alemanes y los gulags soviéticos, los intelectuales polacos fueron fusilados por los alemanes de forma masiva en Palmiry y Wawer, en las proximidades de Varsovia, y en en muchos otros sitios de ejecuciones. Por orden de Stalin fueron fusilados veintiún mil oficiales, funcionarios del estado e intelectuales, principalmente en Katyń y Charków.
A manos de los nazis murieron más de dos millones de polacos y cerca de tres millones de ciudadanos polacos judíos. Las autoridades soviéticas ordenaron el exilio forzoso de cientos de miles de polacos y de judíos que fueron llevados al Este de la Unión Soviética, donde muchos murieron. En los años 1939-45 todo el territorio de Polonia fue sometido a radicales y sangrientas acciones de limpieza étnica.
El Gobierno de Polonia continuaba la lucha. Después dela fuga de Polonia el govierno polaco se estableció en Gran Bretaña. En Londres permanecían el Presidente Władysław Raczkiewicz y el Primer Ministro, y al mismo tiempo Jefe del Ejercito polaco, general Władyslaw Sikorski. Las organizaciones clandestinas habían creado en la Polonia ocupada por los nazis un verdadero Estado Clandestino, con su propio sistema administrativo y un amplio sistema de educación secundaria y superior, ya que todas las escuelas, salvo la enseñanza primaria y formación profesional, habían sido suprimidas. El número de miembros de la resistencia armada superó los 400 mil soldados, y las actividades de sabotaje y guerrilla se contaban entre las más numerosas en la Europa ocupada por los nazis.



